Dự án có tổng mức vốn đầu tư dự kiến là 2.728,720 tỷ đồng. Dự kiến cơ cấu nguồn vốn gồm nguồn vốn nước ngoài là 1.868,670 tỷ đồng (100% vốn xây lắp), vốn trong nước là 860,050 tỷ đồng.
Mới đây, Bộ GTVT kiến nghị Thủ tướng Chính phủ xem xét, chấp thuận không tiếp tục đề xuất sử dụng vốn vay ODA của Nhật Bản để xây dựng cầu Đại Ngãi và đưa dự án vào Chương trình phục hồi và phát triển kinh tế - xã hội.
Do khó thu hút nhà đầu tư nên tỉnh Sơn La đề xuất dừng Dự án đầu tư xây dựng cao tốc Hòa Bình - Mộc Châu theo hình thức PPP để chuyển sang đầu tư bằng vốn ngân sách.