Nhiệm vụ của Đoàn thanh tra là xem xét công tác chấp hành pháp luật về quản lý, sử dụng đất của các tổ chức và xử lý theo quy định của pháp luật nếu có sai phạm; trường hợp vượt thẩm quyền xử lý thì sẽ kiến nghị cơ quan có thẩm quyền cấp cao hơn.
Đối với các trường hợp đề xuất không lập hồ sơ thu hồi đất do bất khả kháng, Sở Tài nguyên và Môi trường Hà Nội cùng đoàn kiểm tra liên ngành sẽ phải làm rõ lý do, nguyên nhân cụ thể và đề xuất phương án xử lý, giải quyết.